结合新疆与兵团园艺产业发展的重大需求，本重点实验室目前拥有三个研究方向：

（1）新疆特色果蔬种质资源评价与创新利用

本研究方向结合新疆特色果蔬种质资源和栽培种类，开展加工番茄、加工辣椒、葡萄、苹果、库尔勒香梨等特色资源的收集和评价，建立特色果蔬资源库（圃）；对特色果蔬的重要品质、产量、抗寒、耐盐碱等抗逆性状开展分子调控机理，对特异性状进行评价、资源挖掘和应用；针对资源的优异特性开发分子标记，结合表型组学提高选择效率；构建育种群体，开展重要性状的定位与功能基因的挖掘，结合基因编辑技术加快新品种（系）选育进程。

（2）新疆特色果蔬优质高效栽培

本研究方向紧密围绕加工番茄、加工辣椒、葡萄、苹果、库尔勒香梨等新疆特色果蔬作物，重点开展高产、优质、高效、水肥一体化安全生产和抗逆生理等方面的调控技术研究与推广示范。

（3）设施果蔬栽培与环境调控理论及技术

本研究方向紧密结合新疆区域经济发展和独特自然资源，重点开展了南北疆不同生态区日光温室建筑结构与环境调控的节能优化设计；设施果蔬高效栽培理论与技术；设施逆境对果蔬生育的影响及抗逆调控机制；设施果蔬水肥一体自动化灌溉技术、工厂化育苗和无土栽培关键技术研究与应用等研究。